Wdrożenie KSeF a księgowość eCommerce – co się zmieni?

Krajowy System e-Faktur (KSeF) od 2026 r. stanie się obowiązkowy dla większości firm i całkowicie zmieni sposób wystawiania oraz odbierania faktur – również w branży e-commerce. Oto kluczowe obszary wpływu i zmian, jakie niesie KSeF w e-commerce.

October 13, 2025
|
Aleksander Olszewski

Obowiązkowe e-faktury przez KSeF od 2026

Po wejściu w życie obowiązku KSeF (planowany start od 2026 r.), wszystkie faktury sprzedaży i zakupu będą musiały być wystawiane elektronicznie za pośrednictwem centralnego systemu Ministerstwa Finansów. KSeF obejmie niemal wszystkich podatników VAT z siedzibą w Polsce (z kilkoma wyjątkami opisanymi poniżej).

Wyjątki: Obowiązek korzystania z KSeF nie będzie dotyczyć faktur wystawianych osobom prywatnym (sprzedaż B2C) ani faktur rozliczanych w procedurach OSS/IOSS (sprzedaż wysyłkowa konsumentom w UE). Te dokumenty pozostaną poza systemem KSeF. Innymi słowy, faktur konsumenckich i objętych OSS nie trzeba (a wręcz nie można) przesyłać do KSeF.

Transakcje zagraniczne B2B: Faktury dla zagranicznych kontrahentów biznesowych (np. wewnątrzunijna dostawa towarów, eksport usług) również podlegają KSeF. Polskie firmy będą musiały takie faktury wystawić w systemie KSeF, mimo że odbiorca zagraniczny nie ma do niego dostępu. Ustawodawca przewidział jednak specjalną procedurę – sprzedawca musi udostępnić e-fakturę kontrahentowi w sposób z nim uzgodniony poza systemem (np. wysyłając PDF e-mailem lub wręczając wydruk). Taka faktura powinna zawierać kod QR pozwalający nabywcy zweryfikować jej autentyczność w KSeF.

Faktury od dostawców spoza Polski: Faktury kosztowe od zagranicznych dostawców (np. za reklamy Facebooka, prowizje Amazona, zakupy z Alibaba) nie trafią do KSeF, bo wystawca nie podlega polskim przepisom. KSeF nie służy do raportowania faktur wystawionych przez podmioty zagraniczne. Takie dokumenty nadal będziesz otrzymywać mailowo lub przez portale dostawców i wprowadzać do księgowości tradycyjnie – tak jak dotychczas.

Dla sprzedawców e-commerce KSeF oznacza koniec dowolności formatu faktury. Wszystkie faktury objęte obowiązkiem (czyli w praktyce B2B w kraju i za granicę) będą musiały być wystawiane jako ustrukturyzowane e-faktury (XML według schemy FA(3)) i wysyłane przez centralny system MF, który nada im unikalny numer identyfikacyjny KSeF. Każda faktura zyskuje więc oficjalny status i jednoznaczną identyfikację w systemie państwowym.

Automatyzacja i porządek w dokumentach

KSeF poza nowymi obowiązkami niesie też usprawnienia w obiegu dokumentów.  Dzięki KSeF wszystkie faktury wystawione przez polskich dostawców na Twoją firmę (po podaniu Twojego NIP jako nabywcy) będą automatycznie dostępne w jednym miejscu. Platforma KSeF pełnić ma rolę centralnego rejestru, w którym odbierzesz e-faktury ustrukturyzowane wystawione na Twoją firmę – koniec z proszeniem kontrahentów o wysyłkę PDF-ów czy z logowaniem się na liczne portale dostawców.

Twoje biuro rachunkowe lub dział księgowości będzie mógł automatycznie pobierać faktury zakupu z KSeF, zamiast oczekiwać na dostarczenie dokumentów. Zmniejszy to ryzyko pominięcia jakiegoś dokumentu i znacząco przyspieszy pracę księgowości (mniej ręcznego wprowadzania danych). W praktyce księgi będą mogły być uzupełniane na bieżąco, bo faktury od dostawców pojawią się w systemie zaraz po ich wystawieniu.

Faktury wystawiane przez Twój system sprzedażowy również trafią do KSeF i tam zostaną zarchiwizowane przez 10 lat. Zyskasz pewność, że każda faktura ma swój unikalny identyfikator KSeF i bezpieczną kopię w systemie Ministerstwa Finansów. Koniec z chaosem zaginionych maili z fakturami czy problemem niewysłanych dokumentów – wszystkie faktury B2B będą w jednym, oficjalnym repozytorium. W razie kontroli skarbowej wystarczy dostęp do KSeF, aby przedstawić komplet wystawionych faktur.

Wyzwania techniczne dla e-commerce

Nowe przepisy to także spore wyzwania techniczne – zwłaszcza w kontekście integracji systemów sprzedażowych z KSeF:.Największym wyzwaniem będzie dostosowanie Twojego sklepu lub oprogramowania sprzedażowego do komunikacji z KSeF. Obecnie platformy e-commerce (np. Shopify, WooCommerce, PrestaShop, Baselinker itp.) generują faktury PDF i wysyłają je do klienta mailem. Po wdrożeniu KSeF Twój system – dla części transakcji – będzie musiał wygenerować fakturę w formacie XML zgodnym z wymogami i przesłać ją do systemu MF zamiast (lub oprócz) dotychczasowego PDF. Oznacza to konieczność wdrożenia odpowiedniego połączenia (API) z rządowym systemem. Na przykład dla systemu Odoo przewidziane są specjalne moduły – firma attomy już przygotowuje integrację KSeF dla Odoo, aby ułatwić użytkownikom tego ERP spełnienie nowych obowiązków.

Konieczne mogą okazać się inwestycje w nowe wtyczki, moduły lub usługi integrujące Twój sklep z KSeF. Dostawcy oprogramowania e-commerce mogą oferować odpowiednie aktualizacje – warto już teraz sprawdzić, jakie są plany dla Twojej platformy. Jeśli Twój dostawca (np. dostawca SaaS sklepu internetowego) nie planuje natywnej integracji, trzeba będzie poszukać zewnętrznego rozwiązania – np. programu do fakturowania z obsługą KSeF lub niezależnego integratora API, który połączy Twój sklep z systemem e-faktur.

Dodatkową komplikacją może być sprzedaż wielokanałowa. Jeżeli prowadzisz sprzedaż na wielu rynkach i platformach (marketplace typu Allegro/Amazon, własny sklep internetowy, zagraniczne platformy itp.) i wystawiasz faktury z różnych systemów, każdy z nich będzie musiał być zintegrowany z KSeF. Obsługa wielu integracji równocześnie może być trudna i kosztowna. Warto rozważyć ujednolicenie procesu fakturowania – np. wystawianie wszystkich faktur ze scentralizowanego systemu ERP, który ma moduł KSeF (lub jedną aplikację integrującą), zamiast mnożenia integracji dla każdej platformy osobno.

Wpływ KSeF na księgowość firmy

Zmiany dotkną nie tylko dział IT czy sprzedaży, ale również księgowość i procedury finansowe firmy. Dzięki KSeF urząd skarbowy uzyska wgląd w wystawiane przez Ciebie faktury praktycznie w czasie rzeczywistym. Ogranicza to możliwość opóźnienia raportowania sprzedaży czy ukrycia jakichkolwiek dokumentów – każda faktura wprowadzona do obrotu od razu trafia na serwery MF. Z jednej strony oznacza to, że dokument musi być poprawny w momencie wystawienia (nie będzie czasu na późniejsze korekty zanim zauważy to fiskus). Z drugiej strony, takie rozwiązanie utrudni nieuczciwe praktyki na rynku – „znikające” faktury czy nierzetelne księgowanie sprzedaży staną się praktycznie niemożliwe, co wyrówna warunki konkurencji.

Dla działu księgowości oraz osób wystawiających faktury KSeF oznacza konieczność jeszcze większej uwagi i dbałości o szczegóły. Każda faktura wysłana do KSeF będzie widoczna dla fiskusa, a ewentualne korekty również zostaną odnotowane w systemie. Trzeba będzie zatem dbać o poprawność danych na fakturze od razu przy jej wystawianiu – począwszy od prawidłowych danych nabywcy (np. pełna nazwa zgodna z rejestrem, adres, NIP), przez właściwe stawki VAT i kwoty, po wymagane oznaczenia procedur (np. mechanizm podzielonej płatności, odwrotne obciążenie, procedury szczególne). Wszelkie błędy będą jawne i do skorygowania oficjalną fakturą korygującą w KSeF.

Pozytywną zmianą ma być za to skrócenie terminu zwrotu VAT o 20 dni dla podatników korzystających wyłącznie z e-faktur. Rząd, aby zachęcić do KSeF, obiecał skrócenie ustawowego czasu oczekiwania na zwrot podatku z 60 do 40 dni. Dla wielu sklepów internetowych, które inwestują znaczne środki w towar, reklamę czy logistykę, szybszy zwrot VAT przełoży się na poprawę płynności finansowej i mniejsze obciążenie kredytowe. Warto jednak pamiętać, że warunkiem jest wystawianie wyłącznie e-faktur – jeśli firma wystawi choć jedną fakturę poza KSeF (w zakresie, w jakim KSeF ją obejmuje), nie będzie uprawniona do przyspieszonego zwrotu.

Podsumowanie dla właścicieli e-sklepów

Jak w praktyce przygotować swój e-commerce na nadchodzącą rewolucję w fakturowaniu? Poniżej kluczowe zalecenia dla właścicieli sklepów internetowych i menedżerów eCommerce:

  • Sprawdź swoje systemy: Upewnij się, że platforma Twojego sklepu będzie gotowa do obsługi KSeF. Dowiedz się, czy dostawca oprogramowania (np. Shopify, WooCommerce, PrestaShop itp.) planuje aktualizację umożliwiającą integrację z KSeF. Jeśli masz wątpliwości, skonsultuj się z firmą wdrażającą rozwiązania eCommerce. Być może konieczne będzie wdrożenie alternatywnego rozwiązania do wystawiania faktur objętych KSeF – może to być dedykowany program finansowo-księgowy z integracją KSeF lub moduł do Twojego obecnego systemu. Pamiętaj, że bez integracji z KSeF nie wystawisz legalnie części faktur sprzedaży od 2026 r., co mogłoby zablokować Twój biznes.
  • Przygotuj obsługę klienta: Po wprowadzeniu KSeF z pewnością pojawią się pytania od klientów typu: „Gdzie jest moja faktura? Dlaczego otrzymałem inny format dokumentu?”. Przygotuj z wyprzedzeniem komunikaty lub FAQ wyjaśniające nowe zasady. Np. możesz poinformować, że klient-konsument (B2C) nadal otrzyma tradycyjną fakturę PDF (lub będzie mógł ją pobrać ze swojego panelu klienta), natomiast klient biznesowy z zagranicy dostanie fakturę e-mailem w formie PDF z kodem QR, mimo że oryginał został wystawiony w KSeF. Taka transparentna komunikacja zapobiegnie chaosowi i reklamacjom.
  • Współpracuj z księgowością od początku: Omów ze swoim biurem rachunkowym lub działem finansowym podział nowych zadań po wejściu KSeF. Ustalcie, kto wystawia faktury w KSeF – czy będzie to automatycznie system sklepu, czy może księgowość przejmie tę rolę (na podstawie danych sprzedażowych). Ustalcie też, jak będzie przebiegać kontrola poprawności – np. czy księgowość będzie monitorować komunikaty o odrzuceniu faktury przez system i jak szybko będzie reagować. Ważne jest również wypracowanie procedury korygowania ewentualnych błędów (kto generuje faktury korygujące w KSeF, na czyją prośbę). Być może Twoje biuro rachunkowe zaproponuje, że to oni będą wystawiać wszystkie faktury w KSeF na podstawie raportów sprzedaży – rozważ, czy takie rozwiązanie ci odpowiada. Im wcześniej uzgodnicie zasady, tym płynniej przebiegnie przejście na nowy system.
  • Przeszkol swój zespół: Osoby realizujące zamówienia i wystawiające faktury muszą znać podstawy nowego systemu. Zapewnij im szkolenie z obsługi KSeF – pokaż, jak sprawdzić status faktury (czy została przyjęta, czy odrzucona) i co robić w razie błędu. Wyjaśnij, jak wygenerować fakturę awaryjną (np. gdy KSeF ma przerwę techniczną – tzw. tryb offline, który pozwala wystawić fakturę i wysłać ją później). Pracownicy powinni wiedzieć, gdzie znaleźć numer KSeF faktury i jak udostępnić fakturę klientowi, aby uniknąć pomyłek. Dobre przygotowanie zespołu z wyprzedzeniem pozwoli uniknąć paniki w dniu wdrożenia nowych przepisów.

Zamów bezpłatną konsultację eCommerce

Co dalej?
Ekspert skontaktuje się z Tobą po przeanalizowaniu Twoich wymagań.
W razie potrzeby podpisujemy NDA, aby zapewnić najwyższy poziom poufności.
Otrzymasz od nas kompleksową propozycję działania wraz z estymacją i harmonogramem.
* Pola obowiązkowe
Dziękujemy za kontakt!
Oops! Something went wrong while submitting the form.

Polecane artykuły

Wszystkie artykuły